В 1862 году с. Пеньки значилось как Поганые Пеньки или Грушевские, по фамилии владельца.

Органова Н. М. Пителинский район. //Города ирайоны Ряз. обл. - Рязань, 1990. - С. 244

В XVII - середине XVIII веков село относилось к Среднему стану Шацкого уезда и называлось Пеньки. Название села по месту его возникновения в пнистом, вырубленном лесу. Затем находилось в составе Елатомского уезда Рязанского наместничества и было передано в Тамбовское в 1779 году. В 1787 году в Елатомский уезд вошла часть Кадомского уезда вместе с Пеньками. В XIX - начале XX веках во избежании путаницы село стало именоваться Грушевские Пеньки, по фамилии его владельца, иногда его называли Поганые Пеньки. Последнее название, по легендам, или из-за нравов, или из-за грязи в низине, где стояло село, к которой примыкали болота, ныне осушенные.

Первоначальное название - Поганые, или Грушевские, Пеньки. Наименование Пеньки получали насел, пункты, возникшие на месте вырубленного леса. Компонент Поганые связан со словом поганый - «нехороший, очень плохой» (ср.: поганый гриб), Грушевские - с фамилией владельцев. В дальнейшем уточняющие компоненты были утрачены.

В газете «Рязанские ведомости» от 20 июня 2002 года есть статья, подготовленная В. Севостьяновой «Вот так и жили», в которой, по письму в редакцию читательницы Н. И. Кузькиной, дается историческая справка о селе Пеньки Шацкого района. Вероятно, произошла опечатка, так как в Шацком районе нет села с таким названием. Единственное село Пеньки на территории Рязанской области расположено в 2-3 километрах к северо-востоку от п. г. т. Пителино. В статье же говорится следующее: «Это село значится в переписных книгах с 1676 года. Указано, что были в нем поповский двор, 4 боярских, 49 крестьянских, 12 вдовьих дворов. До середины XVIII века Пеньками владели князья Голицыны. Затем - генерал-поручик Семеновского полка В. В. Грушецкий. В давние времена село было расположено на западной стороне оврага под названием «Глинная яма». Бок о бок жили здесь татары, литовцы. Еловый лес нещадно вырубали, освобождая место для пахоты. Видимо от этого и идет название села Пеньки».

Название говорит о том, что некогда здесь был лес и поселение образовалось в лесу.

Журкин И, Катагощин Б. ГАРО Ф. Р - 5039, Oп. 1. Д. 178, Л. 39

Пень - м. остаток, на корню, срубленного или сломанного дерева. Пеньё - сев. расчищенное в лесу, выкорчеванное место.

Даль В. Толковый словарь. - М., 1989. - Т. 3. - С. 29

Населенные пункты с аналогичным названием есть в Тамбовской, Костромской, Калининградской, Ивановской и других областях.

Атлас автомобильных дорог России. - М., 1998. -С. 27, 49, 68.

Микротопоним, расположенный в окрестности села, смотри в статье: место Святое озеро у с. Пеньки, Пителинский район.